高海拔高度的空气含氧量会有明显下降，对于传统的汽油机、柴油机工作影响很大。而氢燃料电池系统虽然也需要空气中的氧参与化学反应，但理论计算显示，在海拔3000米以下，含氧量的降低对燃料电池系统的输出性能影响微乎其微。氢燃料电池系统在高海拔地区的性能，在海拔3500米的环境下能够完全正常，而即使在海拔4280米高度上性能衰减不到10%。更重要的是，燃料电池动力系统在高海拔地区只会出现输出性能下降，不可能像内燃机一样出现突然熄火等完全不输出动力的情况。

　　随着海拔的升高，地区的温度也会逐渐下降,而低气温则会极大地影响电池的续航能力。普通电池的正常工作温度为10℃-40℃,如果超出这个正常的工作区间工作,电池的续航时间将会大大缩短。氢燃料电池动力系统在工作时会有部分化学能转换成热能，因此会有较好低温性能。